אפרת החלה את דרכה בתחום הסביבתי, שבו פיתחה פרויקטים קהילתיים לשימור מקורות מים משותפים. בהמשך עברה להתמקד בהגנה על זכויותיהם של פליטים וקבוצות מוחלשות, ועבדה כרכזת תיקים, כחוקרת וכמנהלת פרויקטים בישראל ובבריטניה. קודם לתפקידה הנוכחי בארגון עבדה כמנהלת פעילות התיעוד הרפואי–משפטי במשך כחמש שנים. לאפרת תואר שני בזכויות אדם מ”לונדון סקוּל אוף אקונומיקס”, ותואר ראשון בהיסטוריה של המזרח התיכון ואפריקה מאוניברסיטת תל אביב.